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  與一般的工業污水處理相比，抗生素生產廢水也采用物理化學法和生物技術技術或兩種聯合處理。抗生素廢水主要是有機物質。雖然它含有難生物降解和抑制微生物生長的物質，但經過適當的預處理和細菌馴化后，生物法可以達到良好的處理效果。其中，生物處理方法是主要的處理方法，包括厭氧法、厭氧法、厭氧聯合法。以下是一些常見的生物處理方法。

  厭氧生物處理技術在抗生素藥物廢水處理中的成功應用，極大地促進了抗生素的生物處理。厭氧處理技術是一種有效的去除有機污染物并將其礦化的技術。它將有機物轉化為甲烷、二氧化碳和其他氣體。厭氧處理比好氧處理有很多優點：對于高濃度和中濃度的廢水，厭氧處理比好氧處理便宜得多，可以回收沼氣。這是一種生產能力過程：處理污水所需的反應器體積較小;能耗低(約10%~15%的好氧處理工藝)，污泥產量小(約10~15%的好氧處理工藝);同時，它對營養物質的需求較低。

  目前使用的厭氧反應器主要分為普通厭氧消化池、提升式厭氧污泥床(UASB)反應器、厭氧接觸工藝、厭氧過濾器、厭氧顆粒污泥膨脹床(CEGSB)、厭氧流化床反應器、厭氧復合反應器、厭氧生物轉盤等7種類型。目前，UASB、水解方法等在抗生素藥物廢水的生產規模中應用較成功，其他方法應用較少的原因是其設計、操作研究不足，缺乏對各種抗生素廢水成分的綜合分析和化合物厭氧生物毒性的研究。